O OnlyOffice 9 funciona com quatro novos formatos de ficheiros, o que permite a sua abertura sem ter de os converter primeiro. O mais útil é o XLSB para pastas de trabalho binárias no Excel. Estas armazenam dados em formato binário, em vez do formato baseado em XML dos ficheiros XLSX, tornando as folhas de cálculo grandes mais rápidas de abrir e guardar.
Também pode abrir ficheiros MD (usados por ferramentas de anotações como o Obsidian e o Joplin) e VSDX, o que significa que o OnlyOffice agora pode abrir diagramas criados no Visio da Microsoft. Por último, é possível abrir ficheiros ODG, ou seja, criados no Draw – o programa de gráficos vectoriais do LibreOffice.